Le industrie artigiane e manifatturiere conobbero una grave crisi causata dalla forte concorrenza francese ed inglese, e questa situazione indusse un ulteriore ripiegamento verso l’agricoltura. Se nei Ducati una gestione illuminata e "moderna" permise di stare al passo con le innovazioni tecniche e dei mercati - consentendo l’esportazione di prodotti pregiati quali il vino, i formaggi e la seta -, nelle Legazioni l’arretratezza amministrativa e legislativa perpetuò una stagnazione economica che suscitava forte malcontento nei settori più progressisti della borghesia. I piccoli proprietari terrieri, oppressi dai debiti e dalle tasse, erano in grave difficoltà; nelle grandi aziende, invece, furono introdotti nuovi criteri di conduzione di tipo capitalistico, con largo uso di manodopera bracciantile che, nel Bolognese, superò già nel 1845 il numero degli affittuari e dei mezzadri.

Unica innovazione di rilievo fu l’estendersi nell’arco di tutto il secolo, pur con qualche battuta d’arresto, della risicoltura, coltivazione ad alto reddito praticata soprattutto nelle grandi aziende del Bolognese e del Ferrarese; al ciclo produttivo del riso erano legate sia una migrazione stagionale di manodopera che un capillare controllo delle acque, che si estese anche in zone fino allora considerate marginali e quasi prive di valore. Nella sostanza dei rapporti produttivi e sociali, comunque, la configurazione delle campagne rimase pressoché inalterata anche in seguito ai profondi rivolgimenti sfociati nel ciclo di rivolte e repressioni culminate nel 1848, e poi alla formazione dello Stato nazionale.
L’Unità d’Italia sancì, per la prima volta dai tempi dei Romani, la riunione del territorio regionale in una sola entità amministrativa, da cui furono escluse gran parte della montagna romagnola (le valli forlivesi furono scorporate dalla provincia di Firenze solamente nel 1923) e alcune zone tradizionalmente legate ad altri contesti geografici, come l’Oltrepo mantovano e la Valle del Marecchia. Dal censimento del 1861 risulta che la popolazione era di 2.084.000 abitanti, un terzo dei quali accentrati nelle città; la dinamica demografica era ancora quella di un paese arretrato, con alta natalità e forte mortalità.

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I cambiamenti politici ed amministrativi e l’improvviso confronto con mercati più vasti e articolati non sembrarono avere effetti immediati né sulla realtà territoriale né su quella economica. L’aumento, lento ma costante, di popolazione e produzione avvenne in un contesto che è stato definito di "crescita senza sviluppo", cioè di accrescimento quantitativo senza mutamenti strutturali e senza sostanziali miglioramenti delle condizioni di vita.
Pur non smentendo questo quadro generale, due fenomeni proiettarono l’Emilia-Romagna in una dimensione più moderna: la rapida costruzione di una rete ferroviaria nazionale e di una viabilità più consona alle nuove esigenze dello Stato unitario, e l’inizio di una campagna di bonifiche idrauliche che – avvalendosi dei contributi statali stanziati dalla legge Baccarini del 1882 e grazie alla forza motrice del vapore - portò in pochi decenni al prosciugamento delle parti ancora allagate della bassa pianura.
Sulle montagne appenniniche, nel frattempo, stavano maturando eventi che avrebbero avuto ripercussioni profonde su quelle terre e marginali rispetto alle direttrici di traffico e di sviluppo. Lo squilibrio ormai cronico fra le scarse capacità produttive e la popolazione stava infatti portando all’apice di una crisi che aveva origini lontane, affondando nello sfruttamento eccessivo di un territorio fragile e instabile. Gli ultimi decenni del secolo scorso segnarono l’inizio della svolta nell'andamento demografico: il censimento del 1881 registrò infatti una densità di popolazione mai riscontrata in precedenza - né lo sarà in seguito - nell'Appennino. La stagnazione economica seguita all’apertura dei mercati su scala nazionale mise in luce l’inadeguatezza di un sistema arcaico, rimasto sostanzialmente immutato per secoli: la tradizionale emigrazione stagionale degli uomini validi cominciò ad assumere forma permanente, indirizzandosi in prevalenza verso i centri di fondovalle in fase d'espansione, ma iniziando anche a dirigersi addirittura all'estero.

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Le condizioni ambientali, intanto, stavano conoscendo una trasformazione senza precedenti. La fame di terre aveva portato alla coltivazione di pendii che per la loro acclività erano stati fino ad allora risparmiati, mentre l’eccessiva pressione del bestiame sui pascoli ne stava provocando un progressivo impoverimento. Il disboscamento procedeva con rapidità e con pochi controlli: la costruzione delle ferrovie richiedeva milioni di traversine e grandi quantità di combustibile per le macchine a vapore, e le stesse esigenze aveva la nascente industria, svantaggiata rispetto a quella straniera dalla scarsità di materie prime. Erano inoltre attivamente al lavoro centinaia di carbonai che ricavavano dal legno un prodotto più leggero e da cui si poteva trarre un buon margine di guadagno, che veniva in gran parte assorbito dalla richiesta urbana. L’inevitabile depauperamento ambientale non tardò a manifestarsi sotto forma di frane, erosione incontrollata e perdita di suolo fertile, innescando un dissesto le cui conseguenze sono, in alcuni luoghi, visibili ancor oggi.